Ministerstwo Finansów (MF) podkreśla, że Krajowy System e-Faktur (KSeF) działa prawidłowo. Jest on na bieżąco monitorowany przez MF, a dane zawarte w fakturach są bezpieczne.
Dane w ramach KSeF oraz komunikacja są szyfrowane. Autoryzacja w systemie jest zabezpieczona na najwyższych poziomach dostępności. W celu uwierzytelnienia należy założyć bezpieczeństwo systemu certyfikatów kwalifikowanych, podpisu zaufanego oraz dodatkowych mechanizmów kryptografii opartej o klucze symetryczne i asymetryczne. W efekcie, dotychczas nie odnotowano żadnych przypadków wycieku danych.
W celu zapewnienia bezpieczeństwa obrotu gospodarczego wprowadzono konieczność posiadania określonych uprawnień do korzystania z KSeF oraz wymóg uwierzytelnienia i autoryzacji w kontekście danego przedsiębiorcy.